재정신청 대상이 확대됨에 따라 재정신청이 남발되어 피고소인 등에게 고통을 주고 법원의 사건 수 증가로 인한 부담 등 재정신청의 폐해를 줄이고 재정신청의 효율적으로 운용하기 위하여 검찰항고를 거치는 검찰항고전치주의를 도입하였습니다.(검찰청법 제 10조)

즉, 불기소처분을 받은 고소인 등은 재정신청을 하기 위해서는 원칙적으로 사전에 검찰항고를 거쳐야 만 합니다. 이를 통해 불기소 처분을 한 검사로 하여금 오류를 시정할 수 있는 기회를 부여하고, 고소인도 재정신청 이전에 신속하게 권리구제를 받을 수 있는 길을 열어둔 것입니다.

다만, 항고사건의 지연 등으로 인하여 고소인 등이 불이익을 받지 않도록 하기 위해 고등검찰청에 항고를 신청한 후 3개월동안 검사가 아무런 처분도 하지 않을 때에는 바로 재정신청을 할 수 있고, 또한 고소인이 항고를 하여 검사가 스스로 시정하기 위해 재기수사를 했으나 다시 불기소 처분을 한 경우와 공소시효 완성일 30일  이전까지 공소가 제기되지 않은 경우에는 항고 없이 재정신청을 할 수 있습니다.

이와 같이 재정신청을 할 수 있는 경우에는 대검찰청에 재항고 할 수 없으나 재정신청 대상이 아닌 고발사건에 대해서는 항고 및 재항고가 가능합니다. 또한 법원의 재정신청기각결정에 대해서는  고소인 등은 더 이상 불복이 허용 되지 않습니다.

검찰의 항고기각(각하) 처분에 대하여 이의가 있을 경우에는 항고 사건처분통지서를 받은 날로부터 10일 이내에  재정신청서를 불기소처분청(지방검찰청 또는 지청)에 제출하면 검찰에서 고등검찰청을 경유하여 고등법원으로 자료를 송부합니다. 법원에서 공소제기 결정을 한 때에는 검사는 공소취소를 할 수 없습니다.

현행법에서는 심리의 충실 및 피의자의 장기간의 지위 불안의 해소와 심리의 신속 등을 조화롭게 달성하기 위하여 심리기간을 현실성 있게 3개월로 규정하고 있으며, 재정신청의 남발을 방지하고, 특히 민사사건의 형사사건화 및 재정신청을 민사사건에 악용하는 것을 방지하기 위하여 재정신청사건의 심리는 특별한 사정이 없는 한 공개하지 아니 합니다.

또한 재정신청의 남용을 방지하기 위하여 재정신청이 기각된 경우 결정으로 재정신청절차에 의하여 생긴 비용의 전부 또는 일부를 부담하게 할 수 있습니다.